24 września 1978 r. kolekcjoner przekazał prawie całe swoje wielotysięczne zbiory na rzecz Muzeum Narodowego w Warszawie. Wkrótce potem, Zarządzeniem Ministra Kultury z dnia 28 listopada, zainaugurowało swoją działalność Muzeum im. Jerzego Dunin - Borkowskiego w Krośniewicach Oddział Muzeum Narodowego w Warszawie, już jako instytucja państwowa. Jego dożywotnim kuratorem został  fundator i patron muzeum. Wkrótce potem, 4 października 1979 r., cały kompleks dawnego zajazdu, został zakupiony przez Muzeum Narodowe w Warszawie z przeznaczeniem na siedzibę tworzącego się muzeum.

W kolejnych latach, w sukcesywnie opuszczanych przez dotychczasowych użytkowników i zagospodarowywanych pomieszczeniach stajni i wozowni, została umieszczona część ekspozycji stałej. Jednocześnie nadal przez wiele lat istniała dawna ekspozycja w mieszkaniu kolekcjonera, na piętrze budynku głównego. W drugiej połowie lat osiemdziesiątych został przeprowadzony remont kapitalny stajni i wozowni, który umożliwił zorganizowanie w jej wnętrzach nowej ekspozycji stałej. Natomiast po śmierci kolekcjonera (w 1992 r.) została przygotowana  przez pracowników Muzeum Narodowego w Warszawie nowa aranżacja wystaw. Ich uroczyste otwarcie nastąpiło 7 kwietnia 1994 r. Wkrótce potem, zarządzeniem Ministra Kultury z dnia 17 marca 1995 r., muzeum przestało być Oddziałem Muzeum Narodowego w Warszawie. Natomiast w dniu 30 marca 1995 r. Minister Kultury nadał jej nowy statut i stała się instytucją samodzielną. Dalsze zmiany przyniosło porozumienie Ministra Kultury z Wojewodą Płockim, zgodnie z którym od dnia 1 stycznia 1996 r. muzeum stało się instytucją wojewódzką. Od 1999 r. podlega Starostwu Powiatowemu w Kutnie

W latach 1995 - 1998 został przeprowadzony remont kapitalny byłego budynku głównego zajazdu. Umożliwił on wyeksponowanie, w ciekawszej aranżacji i pełniejszy sposób, znacznej części kolekcji Dunin - Borkowskiego.

W latach 2001 - 2003 zostały odrestaurowane pozostałe elewacje frontowe całego kompleksu dawnego zajazdu dworskiego. Remont przywrócił obiektowi jego dawną świetność i uczynił „perłą” klasycystycznej architektury Krośniewic.